Elle fut le panthéon de l’Ordre du Temple et Gualdim Pais, fondateur de Tomar, y fut inhumé. En descendant l’escalier, comptez 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 et 8 marches, chiffre magique pour les Templiers, symbole de l’infini et de la sagesse. Il y a sur le sol de l’Église une dalle de plus grande taille et alignée différemment, qui, d’après la légende, abrite un tunnel reliant l’église au Château de Tomar. La tête de mort qui se trouve dans la seconde chapelle est également surprenante, car il s’agit d’un élément peu habituel dans la culture catholique.